Kościół Klarysek to budowla gotycka. Zawiera elementy baroku: szczyt fasady, kunsztowna sygnaturka, zaprojektowana przez Franciszka Placidiego, ołtarze ze sztukaterią, kompozycja Drzewa Jessego wyrzeźbiona na ambonie. Na ścianie prezbiterium w 1962 roku odkryto romańskie ryty w tynku. Chór dzieli się na 2 części: niższą dla organisty i wyższą dla zakonnic.

Gotycką świątynię zdobi barokowy wystrój. Na ścianach znajduje się barokowa polichromia Feliksa Derysarza, przedstawiająca sceny z życia fundatorki klasztoru. Ołtarz wielki to dzieło Baltazara Fontany zbudowany w 1699 roku z przepięknymi stiukami Wniebowzięcia Najświętszej Marii Panny i aniołami po bokach. Obok ołtarza dwa obrazy: św. Klary i św. Antoniego dzieło Karola Darkwarta za Szwecji.

Na drzwiach zakrystii zachowane jest malarstwo z XVII wieku, które przedstawia sceny z życia bł. Kingi: podniesienie relikwii św. Stanisława Szczepanowskiego oraz Kinga modląca się o zwycięstwo męża Bolesława nad Jadźwingami.

Wewnątrz podziwiamy dwa ołtarze boczne. Z prawej strony znajduje się murowany ołtarz poświęcony bł. Kindze z 1661 roku. Obraz przedstawiający patronkę pochodzi z 1686 roku. Z lewej strony jest ołtarz Matki Boskiej Pocieszycielki Strapionych z XVII wieku. Z prawej strony - wielka, kuta krata oddziela nawę od kaplicy poświęconej fundatorce klasztoru.

W kościele znajduje się ołtarz z gotycką figurą Kingi z 1470 roku, która stoi na odwróconej koronie, co symbolicznie dowodzi porzucenie władzy książęcej na rzecz życia zakonnego. Pod figurą jest srebrna trumienka ze szczątkami doczesnymi Kingi. Trumienkę fundował hrabia Edward Stadnicki w 1892 roku. Tuż obok kraty po lewej stronie sarkofag, w którym pierwotnie spoczywały szczątki świętej.

Najcenniejszym zabytkiem starosądeckiego klasztoru jest ambona z drzewem Jessego z 1671 roku. Ma wysokość 7,6m i przedstawia ród dawidowy, z którego wywodzi się Najświętsza Panienka. U podstawy ambony leży naturalnej wielkości postać Jessego ojca Króla Dawida. Na szczycie postać Matki Boskiej z Dzieciątkiem stoi na kuli ziemskiej opasanej przez węża. Ambonę tę prawdopodobnie wykonał snycerz starosądecki Gabriel Padwani. Inni wykonanie ambony przypisują niejakiemu Kunze.