Muzeum Jana Pawła II znajduje się w pomieszczeniach, gdzie w czasie uroczystości kanonizacyjnych w 1999 roku była zakrystia dla kardynałów i biskupów.

Na ścianach dominuje wystawa fotograficzna Sylwestra Adamczyka z Mszy Św. Kanonizacyjnej, która jest fragmentem jego albumu pt. "Ojciec Św. na Sądeckiej Ziemi" (Nowy Sącz 2000). Można również zobaczyć obrazy przedstawiające Ojca Świętego i św. Kingę jak i wyroby twórczości artystycznej.

Jednym z ciekawszych eksponatów jest prorocza płaskorzeźba Franciszka Palki z Paszyna k. Nowego Sącza zatytułowana: "Święci Diecezji Tarnowskiej". Płaskorzeźba przedstawia Ojca Świętego w czasie podniesienia Eucharystii, przy czym hostia ma postać oblicza Pana Jezusa z łaskami słynącego obrazu "Przemienienie Pańskie" w nowosądeckiej bazylice pod wezwaniem Św. Małgorzaty.

W tle nad postacią Ojca Świętego znajdują się 3 postacie (od lewej) Św. Kinga, Św. Stanisław – biskup Szczepanowski i Św. Świerad z Tropia. U dołu - biały orzeł, jako symbol ojczyzny wyzwalającej się z więzów niewoli.

W muzeum można obejrzeć ekwipunek osobisty Ojca Świętego do turystyki pieszej: buty firmy Dolomite, sweter, plecak, czapka, rękawiczki i buty do codziennej porannej gimnastyki oraz drobne pamiątki z wizyt apostolskich: karty wstępu do sektorów na Msze Św. z Ojcem Świętym, notatki prasowe, przypinki, plakietki, proporczyki, kartki okolicznościowe, znaczki pocztowe, kilka medali wybitych przy okazji kanonizacji różnych świętych, a szczególnie św. Kingi.

Są tu także: pamiątkowe kasety magnetofonowe z przemówieniami Ojca Świętego, płyty kompaktowe, kasety video.

W muzeum znajdują się także pamiątki, które Ojciec Święty otrzymał przy różnych okazjach: kasetka na różańce z Indii; krzyż podarowany przez młodzież 1983 roku w czasie światowego Dnia Młodzieży w Austrii; Pismo Św. (które jeszcze jako kardynał otrzymał w 1976 roku od kardynała Króla z Filadelfii); pocztówka, którą jako kardynał wysłał do ś.p. ks. bp. Piotra Bednarczyka; różańce, które Ojciec Święty ofiaruje pielgrzymom na prywatnych audiencjach; jeden z czterech srebrnych świeczników jakie otrzymał w Brazylii; rytuał liturgiczny nabożeństw VII Pielgrzymki do Ojczyzny w 1999 roku i album "Ojciec Święty na Ziemi Sądeckiej" podpisany osobiście przez Ojca Świętego, jak również długopis z pierwszej pielgrzymki do Diecezji Tarnowskiej w 1987 roku, którym podpisywał Kronikę chóru Pueri Cantores.