Beskid Sądecki pod względem geologicznym należy do płaszczowiny magurskiej. Osady płaszczowiny zbudowane są głównie z utworów formacji fliszowej utworzonej w Oceanie Tetydy od kredy po paleogen. Zostały one wynurzone i sfałdowane na przełomie paleogeonu i neogeonu. Wykształciły się wówczas dwie strefy tektoniczno-facjalne: krynicka i sądecka (leżąca bardziej na północ), budowa tektoniczna tej części ma charakter fałdowo-blokowy, a ich wspólną cechą jest obecność systemu uskoków poprzecznych, które spowodowały rozbicie tych struktur na szereg bloków poprzesuwanych względem siebie.

Ta budowa geologiczna ma ścisły związek z największym nagromadzeniem w Polsce naturalnych wypływów wód mineralnych w dolinie Popradu. Najpopularniejszym typem wód mineralnych na tym obszarze są szczawy. Ich występowanie uwarunkowane jest przesunięciem systemu szczelin sięgających znacznych głębokości. Wydostający się nimi z głębi ziemi dwutlenek węgla nasyca płytkie wody infiltracyjne i tworzy szczawy płytkiego krążenia, których mineralizacja sięga do 4 g/dmł.

Wielkość mineralizacji zależna jest od długości drogi i czasu migracji wód pomiędzy miejscami ich tworzenia i wypływu. Wydajność takich źródeł waha się pomiędzy 0,5 do 35,0 dmł/min. Szczawy głębokiego krążenia znane są tylko z głębokich odwiertów i w porównaniu do szczaw płytkiego krążenia różnią się ilością składników sodowych i chlorkowych.

Wody mineralne Beskidu Sądeckiego wykorzystywane są w lecznictwie uzdrowiskowym, a także w przemyśle rozlewniczym. Pewną formą wykorzystania tych wód są ogólnodostępne naturalne wypływy. Dzięki tak licznie występującym źródłom wody mineralnej znajduje się tu największy zespół uzdrowiskowy z tak znanymi kurortami jak: Krynica, Szczawnica, Piwniczna, Muszyna, Żegiestów, Wierchomla, Łomnica czy Tylicz.

We wszystkich tych miejscach tryskają lecznicze źródła wody mineralnej, które stanowią około 60% polskich zasobów.

Piwniczna-Zdrój jest jednym z 37 polskich uzdrowisk uznanych przez Ministra Zdrowia i Opieki Społecznej. Będąc uzdrowiskiem górskim specjalizuje się w profilaktyce leczniczej chorób układu oddechowego oraz układu trawienia. Na obszarze gminy Piwniczna wody mineralne występują we wszystkich miejscowościach znajdujących się po prawej stronie rzeki Poprad (Głębokie, Kokuszka, Zawodzie w Piwnicznej, Łomnica, Wierchomla, Zubrzyk).