Badania architektoniczno-historyczne pozwalają przypuszczać, iż pierwszy kościół powstał w roku 1345 z fundacji króla Kazimierza Wielkiego; jednakże wiarygodne informacje związane z parafią pochodzą dopiero z XVI wieku. W czasie najazdu szwedzkiego istniejący drewniany kościół został wraz z całą Mszaną Dolną spalony. Odbudowa nowego drewnianego kościoła (pod wezwaniem Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny) zakończona została w roku 1717.

Kolejne dzieje kościoła związane były z przejściem Mszany Dolnej w ramach rozbioru polski pod zabór austriacki. W tym czasie kościół i parafia zmieniły wezwanie na św. Michała Archanioła. Po 1772 roku kolatorem kościoła został Piotr Wodzicki, który zalegał ze świadczeniami dla kościoła. Parafia wraz z Mszaną Dolną sprzedana została Antoniemu Łuszczkiewiczowi. Złe administrowanie Mszaną Dolną prawdopodobnie doprowadziło do zniszczenia istniejącego drewnianego kościoła.

Obecny murowany kocioł został wzniesiony w miejsce drewnianego w latach 1891-1901. Kościół został zbudowany w stylu nawiązującym do tzw. gotyku nadwiślańskiego. Posiadał ceglane nie otynkowane ściany i dach podbity gontem. Wyposażenie kościoła stanowiły elementy wystroju z poprzednich kościołów do których należał obraz na desce "Zaśnięcie Najświętszej Marii Panny" (XVI wiek), kamienna kropielnica (1668 rok), obraz św. Augustyna (XVIII wiek).

W 1901 roku kościół został uroczyście poświęcony przez arcybiskupa Leona Wałęgę. 1 czerwca 1917 proboszczem został ks. Józef Stabrawa, który kontynuował prace związane z wykończeniem kościoła (doprowadzono do kościoła prąd, wykonano polichromię ścian i sklepienia). W 1921 roku wykonano prace związane z naprawą dachu kościoła i wieży na sygnaturkę. Wykonano także prace malarskie przy polichromii pod chórem.

W latach 1921-1922 wykonano dwa witraże "Modlitwa" i "Święty Michał Archanioł". W późniejszych latach wykonano kolejne witraże autorstwa Zdzisława Gedliczki. Przystąpiono do budowy ołtarza głównego oraz przebudowy ołtarzy w nawach bocznych. W roku 1927 przerobiono ołtarz w nawie kobiecej na ołtarz będący tryptykiem "Matki Boskiej Dobrej Rady". W roku 1921 przerobiono ołtarz w nawie męskiej. W tym czasie wymieniono również obrazy Drogi Krzyżowej oraz wykonano powiększenie organów.

W latach 20. XX wieku ufundowane zostały przez pochodzących z Mszany emigrantów amerykańskich cztery dzwony: "św. Michał", "Jan", "Matki Boskiej Niepokalanej", "św. Józef". W okresie II wojny światowej zniszczeniu uległ dach na kościele oraz witraże. Staraniem ówczesnego proboszcza usunięto powstałe zniszczenia. W 1952 roku zrekonstruowano wszystkie witraże, w 1956 poświęcono nowy ołtarz św. Józefa. A w 1957 roku odrestaurowano organy.

W latach 50. XX wieku przeprowadzono także szereg innych inwestycji związanych z renowacją i modernizacją kościoła. W ramach tych prac na ceglanych elewacjach położono tynki, wykonano remont dachu i wieży, wymieniono drzwi, wykonano betonowy chodnik wokół kościoła, instalację wodociągową, instalację ogrzewania, instalację grzewczą i nagłaśniającą. W latach 70. wymieniono pokrycie dachowe kościoła, odnowiono ołtarz główny i przeprowadzono generalny remont organów.

W latach 80. dobudowano przy kościele dwa przedsionki nakryte blachą miedzianą. W kościele zainstalowano nowe ogrzewanie, wymieniono ławki, zmodernizowano sprzęt nagłaśniający, odnowiono elementy wyposażenia kościoła (chorągwie, feretrony, kandelabr, oraz naczynia liturgiczne). Na początku XXI wieku wykonano szereg prac remontowych.