Muzeum Okręgowe w Nowym Sączu składa się z dziewięciu obiektów muzealniczych. Główną siedzibą Muzeum jest Dom Gotycki zwany również Domem Kanoniczym wzniesiony na przełomie XV i XVI wieku w obrębie miasta lokacyjnego.

Do końca XVII wieku budynek był własnością kolegiaty św. Małgorzaty. Sprzedany po kasacie na rzecz skarbu zaborczej Austrii przeszedł w ręce prywatne. Po drugiej wojnie światowej został przejęty przez państwo, poddany kapitalnej renowacji (1959-1965). Od tej chwili służy jako siedziba Muzeum Okręgowego w Nowym Sączu. W 1993 roku budynek zwrócono parafii św. Małgorzaty.

Obiekt jest murowany, od strony ul. Lwowskiej zawiera 2 zabytkowe portale z przełomu XV i XVI wieku. Rozwój nowosądeckiego muzeum wyznaczały daty tworzenia nowych oddziałów: w 1968 roku - usytuowanego w dzielnicy Falkowa Sądeckiego Parku Etnograficznego (udostępnionego do zwiedzania w 1975 roku), w 1976 roku - Ośrodka Budownictwa Ludowego w Szymbarku, cerkiewi w Bartnem (od 1 stycznia 2008 roku OBL w Szymbarku wraz z filią cerkiew w Bartnem funkcjonuje w strukturach Muzeum Dwory Karwacjanów i Gładyszów).

W tym samym roku uruchomiono Galerię Marii Ritter, wybitnej sądeckiej malarki, we wnętrzach mieszkania rodziny Ritterów, usytuowanego w kamienicy przy nowosądeckim Rynku.

W styczniu 1982 roku oddziałem nowosądeckiego muzeum stało się Muzeum Pienińskie im. Józefa Szalaya w Szczawnicy, prezentujące swoje zbiory w zabytkowej willi "Pałac". W październiku tego roku utworzone zostało w Podegrodziu Muzeum Lachów Sądeckich, któremu w roku 1991 nadano imię Zofii i Stanisława Chrząstowskich, znanych i zasłużonych regionalistów. Funkcjonuje ono w budynku podegrodzkiego Gminnego Ośrodka Kultury.

Kolejny oddział muzeum, Galeria "Dawna Synagoga" w Nowym Sączu, rozpoczął swoją działalność również w 1982 roku. Od stycznia 1995 roku w zabytkowej willi "Romanówka" przy Bulwarach Dietla w Krynicy działa Muzeum Nikifora. Zamek w Nowym Wiśniczu w roku 2001 stał się dziesiątym oddziałem nowosądeckiego muzeum.