Bazylika kolegiacka św. Małgorzaty w Nowym Sączu to kościół posiadający tytuł bazyliki mniejszej oraz Sanktuarium Przemienienia Pańskiego.

Kościół pochodzi z przełomu XIII/XIV wieku. W roku 1448 został podniesiony przez kardynała Zbigniewa Oleśnickiego do godności kolegiaty. W XV wieku kościół przebudowano, powstały m.in. dwie wieże: północna (1460 rok) i południowa (1507 rok). Ta ostatnia pełniła rolę dzwonnicy. Przebudowy te doprowadziły do zatarcia dawnych cech stylowych.

10 października 1916 roku dzwony kościelne zostały zarekwirowane przez Austriaków na cele wojenne. Podobnie postąpili Niemcy z 2 dzwonami w 1941 roku. W okresie międzywojennym rozpoczęto odnowę i częściową rekonstrukcję dawnego wyglądu kościoła. W latach 1955-59 nastąpiła przebudowa wież, nadająca im dawny wygląd. W latach 1969-73 przebudowano wnętrza. W 1992 roku papież Jan Paweł II nadał kościołowi tytuł bazyliki mniejszej.

Budynek kościoła posiada elementy gotyckie i barokowe. W jego skład wchodzi fasada barokowa z dwiema wieżami, nawa główna poprzedzona kruchtą łączącą wieże, po jej bokach kaplice. Najstarszym malowidłem jest fragmentaryczna (odkryta w roku 1970) gotycka polichromia z 1360 roku na południowej ścianie prezbiterium, przedstawiająca sceny męczeństwa i ukrzyżowania. W ołtarzu głównym znajduje się obraz Przemienienia Pańskiego, pochodzenia wołoskiego, datowany na XV wiek, przeniesiony tu w 1785 roku.

Ponadto wyposażenie wnętrza stanowią m.in.: figura Madonny z Dzieciątkiem z XIV wieku, fryz z płaskorzeźb apostołów przywieziony po bitwie grunwaldzkiej, trzy portale gotyckie z XV wieku, chrzcielnica z 1557 roku, ołtarz główny i dwa boczne, późnorenesansowe z XVII wieku, w nawie dwa rokokowe ołtarze boczne. Organy 34-głosowe wykonał Włodzimierz Truszczyński z Warszawy. Kościół został poddany gruntownej przebudowie w latach 70. XX wieku.